哈巴雪山自然保护区内呈立体状分布着高山寒冻植被带、高山草甸和高山灌木丛、冷杉、云杉、针杉、山地常绿阔叶林带等,植物种类繁多,保护区内有虫草、贝母、珠子参、天麻、雪莲等名贵药材;而兰花、百合、报春、龙胆、野牡丹等名花随处可见;在浓密的原始森林中,栖息着一类保护动物滇金丝猴、野驴;二类保护动物雪豹、猕猴、小熊猫、金钱豹、原麝、马麝等;还有黑熊、棕熊、野猪、花面狐、鹦鹉和多种画眉鸟。