鲸类的形体构造和生活习性明显异于任何哺乳类，故长期单列为一目。其祖先和演化史一度存有争议，但随着相关研究不断进展，现已充分证实鲸类由5000万年前的陆生偶蹄目入水后演化而成。DNA测序显示鲸类与河马互为姐妹群，二者构成的分支又与反刍亚目互为姐妹群。为避免偶蹄目成为并系群（即缺少部分演化支），现行分类将鲸目归入偶蹄目，降级为 鲸下目[1]。

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