哈巴雪山是第四纪阿尔卑斯--喜马拉雅构造运动而隆起的。整个保护区4000米以上是悬崖陡峭的雪峰,乱石嶙峋的流石滩和冰川。海拔4000米以下地势较平缓,地貌呈阶梯状分布,保护区内气候呈明显的立体分布,海拔从低至高依次分布着亚热带、温带、寒温带、寒带气候带,可称整个滇西北气候的缩影。