前往世博园区，除了陆地交通，还有水上交通可以选择。世博园外共设有其昌栈、秦皇岛路、十六铺水门、东昌路4个水门，不过，其昌栈、秦皇岛路、十六铺水门仅限团客入场，东昌路水门以散客为主。
                
                乘船入园免费 离园收费
                
                游客可凭世博会门票免费乘船经过水门进入园区，而4座水门作为世博园区在水上的出入口，游客需在此进行安检和票检。但是，游客想要乘坐游船离开世博园区，则需要支付一定的费用，收费标准将参考目前浦江游览的价格。
                
                参观结束后，将有13艘世博游览船从世博园内的3座水门带着旅客经水路至园外十六铺水门，旅客们可领略浦江迷人的夜景。此外，上海世博会还在世博核心区设置了6个轮渡站。世博期间，将有16艘世博客渡船在5条航线往返浦江两岸，每天约600班次。
                
                园区内3处水门
                
                M1水门：位于浦西原南市水厂处；
                M2水门：位于浦东白莲泾港口上游原木材公司码头处；
                M3水门：位于卢浦大桥上游浦东后滩处。
                
                4条入园航线（往返园区内外水门）
                
                1号航线:秦皇岛路水门至园区内M2水门；
                2号航线：其昌栈水门至园内M1水门；
                3号航线：十六铺水门至园内M2水门；
                4号航线：东昌路水门至园内M1水门。
                
                秦皇岛路、其昌栈水门运营时间为8时至11时45分，各发送10个航班，航班间隔25分钟；十六铺、东昌路水门各发送13个航班，运营时间为8时至11时和16时至18时，间隔为上午20分钟，下午60分钟。
                
                3条出园航线
                
                1号航线：世博园区内M1水门至十六铺水门；
                2号航线：世博园区内M2水门至十六铺水门；
                3号航线：世博园区内M3水门至十六铺水门。
                
                5条园内航线
                
                L1轮渡站——L2轮渡站航线，记为1号航线；
                L2轮渡站——L3轮渡站航线，记为2号航线；
                L3轮渡站——L4轮渡站航线，记为3号航线；
                L4轮渡站——L5轮渡站航线，记为4号航线；
                L5轮渡站——L6轮渡站航线，记为5号航线。
                
                6处轮渡
                
                轮渡L1码头位于水门M1上游紧邻处；
                轮渡L2码头位于水门M2上游紧邻处；
                轮渡L3码头位于浦西原江南造船厂船台处；
                轮渡L4码头位于浦东原上钢三厂码头处；
                轮渡L5码头位于浦西原江南造船厂码头处，靠近卢浦大桥；
                轮渡L6位于浦东后滩水门M3上游紧邻处。